Перед началом войны 48-й скоростной бомбардировочный авиаполк  базировался в Изъяславле и Коськове.

К 22 июня 1941 г. полк имел на вооружении 29 самолетов СБ (в том числе 7 неисправных), а также 35 Пе-2, еще не освоенных экипажами. Входил полк в состав 17-й сад Юго-Западного фронта.

На базе личного состава полка в июне-июле 1941 г. последовательно были сформированы 261-й бап, 244-й бап, 255-й бап и пополнен 86-й бап.

9 сентября 1941 г. в связи с большими потерями отправлен в состав Прив.ВО.

В июне 1942 г. 48-й бап, находившийся в тылу Закавказского фронта, был перевооружен на американские самолеты А-20Ж "Бостон".

В январе 1943 г. причислен в Резерв ВГК.

С 6 марта 1943 г. входил в состав 219-й бад 4-й Воздушной Армии.

11 июля 1943 г. полк вошел в состав 218-й бад в Резерве ВГК при ВВС МВО.

С 11 апреля 1944 г. в составе 218-й бад направлен на фронт в 5-ю Воздушную Армию.